โครงสร้างการบริหารสถาบันอาณาบริเวณศึกษา ประกอบด้วย ผู้อำนวยการสถาบันฯ ซึ่งเป็นผู้บริหารสูงสุด อยู่ในตำแหน่งวาระละ 3 ปี โดยอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสภามหาวิทยาลัย ซึ่งทำหน้าที่สรรหาและประเมินผลการทำงานของผู้อำนวยการทั้งขณะที่ยังอยู่ในวาระการดำรงตำแหน่งและเมื่อพ้นวาระการดำรงตำแหน่งไปแล้ว ทั้งนี้ สถาบันฯ จะมีคณะกรรมการประจำสถาบันฯ เป็นคณะกรรมการที่กำกับดูแลการบริหารงานของสถาบันฯ โดยมีผู้อำนวยการสถาบันเป็นประธานและกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิจากทั้งภายในวิทยาลัยและภายนอกมหาวิทยาลัยรวมกัน 14 คน อยู่ในตำแหน่งวาระละ 2 ปี มีอำนาจหน้าที่ตามข้อ 69 แห่งข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ว่าด้วยโครงสร้างและการบริหารส่วนงานภายใน พ.ศ. 2559
สถาบันฯ มีรองผู้อำนวยการ 2 คน ได้แก่ รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหาร และรองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ สำหรับศูนย์แต่ละศูนย์ภายใต้สถาบันฯจะมีผู้อำนวยการศูนย์ที่ดูแลกิจการของศูนย์ต่างๆ ในส่วนของหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเอเชียแปซิฟิกศึกษา (MAPS) จะมีผู้อำนวยการหลักสูตรและรองผู้อำนวยการหลักสูตร ทำหน้าที่ดูแลการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตร และพัฒนาคุณภาพการศึกษา
สถาบันอาณาบริเวณศึกษา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ 